Sorge sulle fondazioni della Rocca realizzata da Baccio Pontelli (nei sotterranei, non visitabili, è tutt'ora visibile la massiccia struttura di una torre di rinfianco) e venne costruito alla fine del XVI sec. , su disegno dell'architetto urbinate Lattanzio Ventura, per ospitare la Magistratura cittadina costretta, nel 1585, a lasciare il Palazzo della Signoria per dar posto al Governatore Pontificio. La facciata si presenta con scansioni geometriche lineari a tre ordini di finestre munite di cornici. Nell'atrio sono conservati cimeli storici e lapidi, di cui una riporta la trascrizione della famosa lettera fatta pervenire agli jesini, nell'agosto del 1239, da Federico II per esortarli a passare dalla sua parte nella lotta contro il Papato. Al primo piano si trovano: la Sala del Consiglio, con belle prospettive architettoniche alle pareti dipinte dall'artista Lorenzo Daretti (XVIII° sec.).